Za czasów Zygmunta III Wazy Warszawa odgrywała dużą rolę w Królestwie Polski. Odbywały się tu między innymi sejmy walne i elekcje królewskie. Korzystne było również jej położenie. Stała się najważniejszym miastem, gdy po pożarze Zamku Wawelskiego, Król postanowił zamieszkać w Warszawie na stałe. Decyzją przeniesienia była również zbyt duża odległość z Krakowa do terytoriów północnych i wschodnich. Od tej pory Warszawa nie tylko stała się siedzibą monarchy ale także to właśnie tu zwoływano sejmy.

Oficjalnie za datę przeniesienia stolicy do Warszawy uznaje się rok 1596. Nie posiadała ona jednak aktu prawnego uwzględniającego jej jako stolicę, jednak już w XVII wieku uzyskała miano metropolii europy środkowej i liczyła już kilkanaście tysięcy mieszkańców.

Po śmierci Króla Zygmunta III Wazy w 1632 roku, władzę przejął jego syn, Władysław IV. Dla Warszawy oznaczało to kontynuację rozwoju miasta, zapoczątkowaną przez nieżyjącego już króla. Na dwór zaczęli przybywać różnego rodzaju artyści, aktorzy, muzycy, architekci. Powstało również wiele zakonów oraz pierwsza stała scena dworska.

Rozwijająca się Warszawa musiała jednak zmierzyć się z problemami, gdy po śmierci Władysława IV, objął poprzez sejm elekcyjny władzę jego przyrodni brat Jan II Kazimierz. Za jego panowania Królestwu Polskiemu groziło niebezpieczeństwo ze strony Szwecji, która osiągała wysoki status w Europie. Szwedzi chcieli bowiem przejąć handel bałtycki oraz pozbyć się niewygodnych dla niej stosunków z Polską. Skutkiem tego było wkroczenie wojsk szwedzkich na tereny Polski w 1655 roku. Wojna nazwana została Potopem Szwedzkim i przyniosła miastu wiele zniszczeń, jednak naprawianie szkód nie trwało długo. Już w 1670 roku Warszawa była już praktycznie odbudowana.

Kolejnymi problemami były następujące po sobie działania zbrojne. Warszawa, jako stolica miała bardzo duże znaczenie dla Polski, co inne kraje z premedytacją wykorzystywały. Jednak miasto szybko regenerowało się i do dziś jest stolicą kraju.